Il suo nome deriva dalla trasformazione del nome slavo Doimo, un santo della città di Spalato. E' la più grande dell'arcipelago e si discosta notevolmente dalle altre per la sua rigogliosa vegetazione. Ha una lunghezza di circa 2.600 metri per una larghezza di 1.700 e il suo punto più alto, Colle dell'Eremita, arriva a 116 metri.

Mappa di San Domino via mare

La costa dell'Isola di San Domino può essere agevolmente scoperta noleggiando un mezzo nautico. In senso orario possiamo trovare:

Cala delle Arene, chiamata così perché rappresenta il più grande arenile dell'isola;

Cala delle Femmine, è adiacente alla Cala delle Arene ma protetta da uno scoglio che non permetteva la vista delle donne in costume da bagno;

Cala del Mutillo, dalla sua forma ad imbuto chiamato in dialetto mutil;

Cala Matano, forse dal nome della duchessa Matano;

Punta del Pigno, per la presenza di numerosi alberi di pino colmi di pigne;

Scoglio dell'Elefante, dalla caratteristica forma di un elefante inginocchiato con la proboscite in acqua;

Cala del Sale, chiamata così per la presenza di una grotta dove si conservava il sale raccolto in pozze d'acqua adiacenti;

Cala delle Roselle, perché vi sono cespugli di roselline selvatiche;

Cala dello zio Cesare, dal nome del guardiano del faro di San Domino;

Punta di Ponente, perché situata ad Ovest dell'isola di San Domino;

Cala dei Tre Segni, per la presenza di tre spaccature verticali nella roccia oggi ancora visibili;

Grotta delle Murene, per la presenza di molte Murene. Si può raggiungerla attraverso il sentiero che parte dal faro di San Domino;

Cala della Provvidenza, chiamata così o perché i marinai dopo averla oltrepassata navigavano in acque tranquille al riparo dai venti del Nord, oppure per la presenza di una piccola cappella edificata da Pietro Polono nel XIV sec.;

Ripa dei Falconi, roccia che raggiunge gli 80 metri di altezza al di sopra della Grotta del Bue Marino, nelle cui spaccature nidificano le Diomedee e il Falco pellegrino;

Grotta del Bue Marino: il bue marino è la forma popolare per indicare la Foca Monaca che vi soggiornava. La grotta è lunga 74 metri, larga 6 ed ha una profondita di 4 metri. Sulla roccia a sinistra vi sono alcune incisioni di date ben leggibili: 1853, 1898, con dei nomi. A sinistra sempre con un foro scavato nella roccia collegava attraverso una galleria questa grotta alla sovrastante Cappell del Romito;

Architiello, piccolo arco naturale di roccia;

Punta Secca, per la mancanza di vegetazione, quindi arida, secca;

Cala Rossa, per il particolare colore della roccia;

Grotta delle Rondinelle, per la presenza dei Rondoni Marini che qui nidificano e che sono visibili al tramonto quando fanno ritorno in questa cavità;

Cala della Pecora, per la caratteristica forma della roccia che assume le sembianze di un gregge di pecora;

Cala dei Benedettini, perché vie è un'antica vasca per la raccolta dell'acqua piovana costruita dai monaci benedettini durante la loro breve permanenza nell'isola di San Domino tra il 1010 e il 1045. Oggi è ancora visibile ed è situata lungo il sentiero al di sopra della cala;

Punto del Vapore, perché qui vi affondò una imbarcazione a vapore nel 1984 e i resti sono ancora visibili in profondità;

Cala degli Inglesi, in quanto si ritenne che la nave affondata battesse bandiera inglese;

Punta del Vuccolo, in quanto vi è la presenza all'estremità della punta di una piscina naturale scavata nella roccia, le cui acque interne spesso creano vortici, in dialetto vuccoli;

Cala Tramontana, perché situata al Nord dell'isola. La vegetazione presenta un'inclinazione dovuta ai fortissimi venti di tramontana;

Cala Tonda, chiamata così per la sua caratteristica forma rotonda;

Punta del Coccodrillo, perché la roccia assume la forma di un coccodrillo in fase di attacco;

Cala del Tamariello, per la presenza di colonie di gamberetti detti in dialetto amarielli;

Punta del Diamante, dal taglio della roccia simile ad un diamante;

Scoglio del Monaco, per la sua particolare forma che ricorda un monaco in ginocchio a mani giunte che prega;

Pagliai, per la caratteristica forma delle rocce simili a covoni di paglia.

Cala degli Schiavoni, luogo dove gli schiavoni, ossia gli slavi assoldati come mercenari della Repubblica di Venezia, tiravano a secco le barche.